Dans un monde ou l'alchimie est une force dominante, Edward Elric et son petit frère Alphonse âgés de 11 et 10 ans, se voient privés de leur mère emportée par la mort. Essayant de la ramener a la vie en utilisant l'alchimie, Edward perd sa jambe gauche ; Alphonse son corps tout entier, mais son frère put attacher son âme à une armure afin que celui-ci ne meurt pas,et ceci au prix de son bras droit, lors de la transmutation, totalement ratée.
Nous retrouvons ces deux frères à l'âge de 14 et 15 ans, Edward étant devenu alchimiste d'état et son frère le suivant dans ses missions. Ils parcourent le monde pour trouver la pierre philosophale en espérant qu'elle puisse leur permettre de retrouver leur corps.